目斗嶼南方的吉貝嶼相隔7公里。全島周長843公尺，面積只有0.0244平方公里，島上以目斗嶼燈塔著名，是澎湖最美燈塔之一。島的周圍有著許多大大小小暗礁，早期常常發生船難，所以在清代光緒年間設立目斗嶼燈塔，為船隻指引方向，至今已超過百年。目斗嶼燈塔高40公尺，黑白相間的塔身矗立在黑褐色的岩礁上，小島由玄武岩所組成，台灣唯一將蓄水池取水口設在塔內的燈塔。島上無電，電力全靠三部發電機自行發電，提供燈塔運轉。