花嶼位在望安島西北方偏南，隸屬望安鄉花嶼村，是澎湖最西方的島嶼、澎湖群島的第十大島，也是全台的極西，全島最高處約標高53公尺，位在東北岸的燕墩山。

花嶼地形與澎湖其他的島嶼相似，地質卻有所不同，澎湖其他島嶼，皆是以玄武岩為主，構成花嶼的岩石，主要為安山岩，是九千萬年前到五千萬年前所形成的，為澎湖群島中最古老的島嶼，在長時間的風化作用下，刻劃出了不同的岩石景觀。

位在花嶼山頂的花嶼燈塔，有花嶼之光的稱號，為花嶼附近主要的地標，日本人因為軍事上具重要地位而興建，於民國28年(西元1939年)完工，塔身為鋼筋混凝土白色圓形燈塔，塔高12.5公尺，是全台灣最西的燈塔，也是全台灣最晚看到日落的燈塔，裝有四等電石氣閃光燈，每五秒閃白光一次，光力1600支燭光。

退潮時，花嶼東南側的海蝕礁石上，可以看到傳說中「仙腳石印」的左腳，與在望安嶼天台山的右腳相呼應，島上還有夫妻石(情人石)、人面石、一線天、石猴、老翁石、石觀音……等，岩石景觀。