澎湖孔廟又名文石書院，目前坐落於馬公市新生路上，澎湖生活博物館的旁邊，為澎湖教育的發源地，因澎湖特產文石，以文石命名為文石書院。

澎湖孔廟(文石書院)，是澎湖昔日唯一，也是最古老的學院，創立於乾隆三十一年(西元1766年)，位於文澳廳治右方，由當時澎湖通判所捐建設立，後來於中法戰爭時遭受到破壞。

日治初期，文石書院被設立為野戰醫院，醫院撤走後，地方人士又重新將書院整建，重修改建為澎湖孔廟。

初建之時，因內有祀奉了魁星之神，所以又名為「魁星樓」，後來又經歷了數次重修，1895年地方人士為了保存、固有中華民族文化，將文石書院改為孔廟，成為供民眾弔古尋幽之古蹟，民國88年(西元1999年)，澎湖縣政府編列預算，斥資重新改建，成為今日樣貌，目前又稱為澎湖孔廟。

進入文石書院，一眼就可以看見圍牆邊高聳矗立的石碑，以及已被磨平的施琅靖臺碑文字，入內可見文石書院，為清朝傳統式的建築，包括有崇聖祠、大城殿、櫺星門、東廡、西廡暨大成門……等，是標準中國風味的雙層閣樓建築，保留了傳統建築的風貌。