漁人碼頭的前身是馬公第二漁港，延伸至馬公第一漁港的是一條長長的木棧道，就是漁人碼頭。

漁人碼頭以前是漁船與製冰廠的使用區域，四處都是油汙與魚腥味，漁具和製冰馬達隨意堆放，後來在縣府整體的規劃整治下，成為深具澎湖產業特色，最富有潛力的水岸再發展區，早晚都有人悠閒的散步著，如今是澎湖居民散步，以及旅客來澎湖的必訪之地。

漁人碼頭大致分成兩區塊，一個是以菊島之星為主的購物區，另一個是以彩繪油桶為主的休閒區域，碼頭上設有木棧道、濱港休憩木桌椅供民眾休憩，沿著水岸木棧道觀賞，結合夜間照明，呈現出日夜不同的風采。