高雄關稅局馬公支關位於馬公市臨海路上，雪白典雅的巴洛克風格外觀建築，此種建築為日治時期的古蹟產物。

日本佔領後，開始在南部建設高雄港，並於明治37年(西元1904年)，日本政府在即敘門東邊的媽宮港，填海築港，明治38年(西元1905年)時，日本政府在築地町處，即高雄關稅局馬公支關的現址，興建了媽宮港稅關辦公廳，馬公港為澎湖對外主要的出入地，受高雄稅關所管轄，後改制為高雄稅關馬公支署。

圓拱形的門廊，建築主體為一層樓，邊角處是四方形的兩層結構建築，用以暸望馬公港之用，建築形式屬於洋式風格，拱形窗戶與歐式斜頂，都說明了，這是在當時，日本人愛的仿歐建築風格，此建築物，可以說是日治時期，最先使用洋式風格的官方房舍。

主要結構的材料為鋼筋混凝土，以承重牆為主要構造，屋頂為斜屋頂，使用水泥製的黑瓦，門廊立面透空，採用圓拱形的設計，設計成對外業務處理的窗口，外部裝設有拱形窗，以及拱心石的裝飾手法，建築物四周樑柱的地方，砌有斜柱以補強建築物的結構，且搭渦卷形的柱頭裝飾；建築物的正面，原以洗石子為材料，光復後外牆改成水泥漆。

現在的馬公稅關派出所，晚上在建築物的四周會打上燈光，夜晚散步時經過，可以感受到一棟乾淨與典雅的古老建築。