祖師爺廟位於馬公市西文里，又稱文澳祖師爺廟，廟內主祀清水祖師。

祖師爺廟建於康熙年間，傳說有位和尚從泉州清水岩來到文澳，替民眾治病，不收藥資，分文皆不收取，民眾感念便設立祖師爺廟；祖師爺廟於康熙年間，已有文獻紀錄，與施公祠、水仙宮、觀音亭皆為康熙年間有紀錄的廟宇。

祖師廟內懸掛清代保留至今的匾額，有「清溪垂庇匾」、「千江明月匾」與「一方之庇匾」三個匾額，唯獨「清溪垂庇匾」無明確落款年份，「一方之庇匾」為雍正七年(西元1729年)、「千江明月匾」為同治三年(西元1864年)落款。

祀奉主神：清水祖師