水產種苗繁殖場大樓一樓為種苗生產區，二樓為參觀區，三樓則是景觀平台區與辦公室，進行各類的紫菜、蝦、蟹、海水魚及九孔之貝類繁養殖放流業務，以期增進澎湖水產資源，並促進養殖漁業的發展。

水產種苗繁殖場二樓為參觀走道，長度約108公尺，包含了珊瑚栽種區及水族箱展示區，供學生及一般民眾參訪，經由走道之簡介，搭配導覽人員解說，可了解種苗培育生產過程與海洋生態保育相關觀念。

種苗繁殖場在三樓辦公區外，因西臨嵵裡社區的海灣，亦設有觀景平台，作為遊客暸望觀景與休憩用。

澎湖縣水產種苗繁殖場的前身，為民國五十八年設立的澎湖縣藻類種苗培育中心，當時以推廣澎湖紫菜養殖為目標，民國七十七年正式成立澎湖縣水產種苗繁殖場，於民國一百年時進行種苗繁殖場場區改建，興建了種苗生產暨海洋生態教育大樓及周邊工程。

澎湖縣水產種苗繁殖場，綜理各項水產種苗培育、孵化與放流工作，目前進行中之種苗培育如下:
1.魚苗培育：石斑、海鱺、黑鯛、石鱸、黃錫鯛、嘉鱲、青嘴龍占…等。
2.貝類培育：九孔、鳳螺、銀塔鐘螺等。
3.蝦類培育：斑節蝦…等。
4.蟹苗培育：遠海梭子蟹…等。
5.大型經濟藻類：紫菜、鋸齒麒麟菜、菩提藻。
6.其他：珊瑚、馬蹄鐘螺。