澎湖海洋地質公園中心，位於第三漁港旁，與馬公市公所只有一街之隔，是澎湖縣政府針對地質公園所設置的，地質公園中心內有地質公園的介紹、澎湖的自然保護區、澎湖特色景觀、澎湖地質年代表、貓嶼海鳥保護區、七美石器工廠的分佈圖、台灣地質公園、世界各國地質公園、玄武岩、石材生活主題的介紹…等，非常豐富詳細。

地質中心的外觀非常特別，主要是以石為主，走的是和式與傳統風格，是相當有特色的建築。

內部空間分為15個館區，15區分別是澎湖的自然及海鳥保護區、澎湖特色景觀、澎湖地質年代表、澎湖六大地質公園、澎湖玄武岩展示、七美史石器工廠、玄武岩介紹、石材工藝品、石材生活主題、互動益智活動、世界共同的資產與圖書及視聽室…等，裡頭的樓梯為木製，樓中樓的設計層層向上，可以站在較高的地方，欣賞館內各區，館內也有許多提供給小朋友學習科學的地方。